结构速递 | 一周“结构”要览 VOL.115(5.13~5.19)
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2024.5.13~2024.5.19
CNS刊登文章
01
Nature
2024/5/15
01
“Dimerization and antidepressant recognition at noradrenaline transporter”
二聚化与去甲肾上腺素转运体的抗抑郁药识别
去甲肾上腺素转运蛋白在调节神经递质平衡中具有关键作用，对正常生理和神经生物学至关重要。去甲肾上腺素转运蛋白功能障碍与多种神经精神疾病有关，包括抑郁症和注意力缺陷多动障碍。
来自中国科学院上海药物研究所徐华强课题组、杨德华课题组以及临港实验室蒋轶课题组报道了去甲肾上腺素转运蛋白的冷冻电镜结构，包括apo状态、底物结合状态以及与六种抗抑郁药结合的复合物。这些结构揭示了去甲肾上腺素转运蛋白二聚体界面，主要由胆固醇和脂质分子介导。底物去甲肾上腺素深深地结合在中央结合口袋中，其胺基与一个保守的天冬氨酸残基相互作用。结构还提供了对抗抑郁药识别和单胺转运蛋白选择性的见解。总体而言，这些发现推进了对去甲肾上腺素转运蛋白调节和抑制的理解，并为设计改良的抗抑郁药以治疗神经精神疾病提供了模板。
2024/5/15
02
“Physiological temperature drives TRPM4 ligand recognition and gating”
生理温度驱动TRPM4配体识别和门控
温度深刻地影响着大分子的功能，特别是对于具有温度敏感性的蛋白质。然而，在生物物理学研究中通常在非生理温度下进行，往往忽视了温度的影响，可能导致机制和药理学洞见的不准确性。
来自美国范安德尔研究所的Wei Lü和Juan Du合作展示了TRPM4的结构和功能在温度依赖下的变化，TRPM4是一种温度敏感的钙激活离子通道。通过使用单颗粒冷冻电子显微镜在生理温度下研究TRPM4，研究者确定了一种与在较低温度下观察到的构象不同的“温暖”构象。这种构象是由细胞内结构的温度依赖性Ca2+结合位点驱动的，并且对于TRPM4在生理环境中的功能至关重要。研究者证明了配体，例如十钒酸盐（一种正向调节剂）和ATP（一种抑制剂），在生理温度下与TRPM4的不同位置结合，而不同于在较低温度下，并且这些位点具有真实的功能相关性。通过在生理温度下捕获其不同功能状态的结构，阐明了TRPM4的门控机制，揭示了在较低温度下未观察到的通道开放。本研究提供了一个关于离子通道温度依赖性配体识别和调节的示例，强调了在生理温度下研究大分子的重要性。它还为解析热敏感TRPM通道如何感知温度变化提供了一个潜在的分子框架。
02
Science
2024/5/16
01
“AlphaFold2 structures guide prospective ligand discovery”
AlphaFold2结构指导前瞻性配体发现
AlphaFold2（AF2）模型已经产生了广泛的影响，但在回顾性配体识别方面成功参差不齐。
来自加州大学旧金山分校的Brian K. Shoichet，斯坦福大学的Georgios Skiniotis，北卡罗来纳大学教堂山分校的Bryan L. Roth，哈佛大学医学院的Andrew C. Kruse针对未经优化的σ2和5-HT2A受体的AF2模型，对大型库进行了前瞻性对接，测试了数百种新分子，并将结果与对接实验结构进行了比较。与实验结构相比，对接的命中率和亲和力都很高且相似。尽管与实验结构相比，AF2模型中的正交位点残基构象存在差异，但对接成功。通过确定来自AF2对接的更有效的5HT2A配体之一的冷冻电镜结构，发现了与AF2预测相似的残基适应性。AF2模型可能会采样与实验结构不同的构象，但仍然是低能量且与配体发现相关的，扩展了基于结构的配体发现领域的范围。
03
Cell
本周无
2024.5.13~2024.5.19
子刊刊登文章
01
Cell Research
5.13
1）“Piecing together aminergic polypharmacology”
拼凑胺能多药理学
5.14
2) “Molecular activation and G protein coupling selectivity of human succinate receptor SUCR1”
人琥珀酸受体SUCR1的分子活化和G蛋白偶联选择性
5.14
3）“Structural and functional evidence that GPR30 is not a direct estrogen receptor”
GPR30不是直接雌激素受体的结构和功能证据
5.14
4) “IS607 TnpB is a hypercompact RNA-guided DNA endonuclease”
IS607 TnpB 是一种超小型 RNA 引导的 DNA 内切酶
5.14
5) “ATP6AP1 was Phast-ID’ed as a long-sought GEF for Rheb”
ATP6AP1被Phast-ID鉴定为Rheb的长期寻求的GEF
02
Molecular Cell
本周无
03
Nature Structural & Molecular Biology
5.16
1） “The LexA–RecA* structure reveals a cryptic lock-and-key mechanism for SOS activation”
LexA-RecA*结构揭示SOS激活的隐秘锁钥机制
5.17
2) “Unwinding of a eukaryotic origin of replication visualized by cryo-EM”
通过冷冻电镜可视化真核复制起点的解旋
04
Nature Communications
5.13
1）“The structural basis for 2′−5′/3′−5′-cGAMP synthesis by cGAS”
cGAS合成2′-5′/3′-5′-cGAMP的结构基础
5.13
2) “Targeting bacterial nickel transport with aspergillomarasmine A suppresses virulence-associated Ni-dependent enzymes”
用天麻素A靶向细菌镍转运抑制毒力相关的镍依赖酶
5.13
3）“Microfibril-associated glycoprotein 4 forms octamers that mediate interactions with elastogenic proteins and cells”
微纤维相关糖蛋白 4 形成八聚体，介导与弹性蛋白和细胞的相互作用
5.13
4) “Structural and dynamic insights into the activation of the μ-opioid receptor by an allosteric modulator”
异位调节剂激活μ-阿片受体的结构和动力学见解
5.14
5) “Chemical manipulation of an activation/inhibition switch in the nuclear receptor PXR”
核受体 PXR 激活/抑制开关的化学操作
5.15
6）“Cryo-EM structures of the human Elongator complex at work”
工作中的人类Elongator复合体的冷冻电镜结构
5.15
7）“Structure and genome editing of type I-B CRISPR-Cas”
I-B型CRISPR-Cas的结构和基因组编辑
5.15
8) “Structures of H5N1 influenza polymerase with ANP32B reveal mechanisms of genome replication and host adaptation”
H5N1流感聚合酶与ANP32B的结构揭示了基因组复制和宿主适应机制
5.15
9）“Interplay between Mg2+ and Ca2+ at multiple sites of the ryanodine receptor”
Mg2+和Ca2+在雷诺丁受体多个位点的相互作用
5.16
10) “Extracellular modulation of TREK-2 activity with nanobodies provides insight into the mechanisms of K2P channel regulation”
纳米抗体对TREK-2活性的胞外调控有助于深入了解K2P通道的调控机制
5.16
11) “Accelerating reliable multiscale quantum refinement of protein–drug systems enabled by machine learning”
利用机器学习加速蛋白质-药物系统的可靠多尺度量子细化
5.16
12）“Structure, mechanism, and evolution of the last step in vitamin C biosynthesis”
维生素C生物合成最后一步的结构、机制和进化
5.16
13) “The EV71 2A protease occupies the central cleft of SETD3 and disrupts SETD3-actin interaction”
EV71 2A蛋白酶占据SETD3的中心裂隙并破坏SETD3-肌动蛋白的相互作用
5.17
14）“Structures of the mumps virus polymerase complex via cryo-electron microscopy”
通过冷冻电镜观察腮腺炎病毒聚合酶复合物的结构
5.17
15）“Structural mechanism of bacteriophage lambda tail’s interaction with the bacterial receptor”
噬菌体λ尾与细菌受体相互作用的结构机制
05
Science Advances
本周无
作者 | 谭佳鑫
审稿 | 肖媛
责编 | 囡囡
设计 / 排版 | 可洲 雨萱
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